Köksu, kök ve su sözcüklerinin birleşimidir. Kök, Ana Türkçe *kök'ten gelir ve hem bitki kökünü hem de bir şeyin kaynağını, aslını anlatır. Su, Osmanlıca üzerinden daha eski *suv biçimine, o da Ana Türkçe *sub'a dayanır; Eski Türkçede sub olarak geçer. Türkçe Vikisözlük suyu ayrıca kız adı olarak kaydeder. TDK'nin yorumunda ad, kökeni suyun duruluğuna benzetilen, temiz bir soydan gelen kişiyi anlatır; kök sözcüğünün köken anlamı bu yorumun temelidir.
Su ile biten adlar Türkçede yaygındır; benzer isimler arasındaki Kansu, İlsu ve Berksu bunlardandır. Su sözcüğü Vikisözlük'te kız adı olarak geçse de Köksu bir erkek adıdır. İki hecede okunur (Kök-su) ve ünlüyle bittiği için ekler kaynaştırma sesiyle gelir: Köksu'ya, Köksu'nun. Ekler ilk hecedeki ö'ye değil, sondaki u'ya uyar.