Köksür, kök sözcüğü ile sürmek fiilinin emir biçimi sür'ün birleşmesinden oluşur ve “kök sür” diye bir dilek bildirir. Kök, Ana Türkçe *kök'ten gelir; bitkinin kökünü ve bir soyun, ailenin başlangıcını anlatır. Sürmek, Ana Türkçe *sǖr- köküne dayanır; Vikisözlük bu fiilin Osmanlıcada ileri gitmek, devam etmek ve dışarı doğru uzamak anlamlarını taşıdığını kaydeder. TDK adı “soyun genişlesin” anlamında bir dilek olarak açıklar; bitkinin kök salıp yayılması imgesi bu yorumu karşılar.
Emir kipiyle kurulduğu için ad, kısa bir dilek cümlesi gibi duyulur. İki hecede okunur (Kök-sür) ve ince yuvarlak ünlülerle kuruludur: Köksür'e, Köksür'ün. Sür hecesinin r ile bitmesi, ünlüyle başlayan soyadlarıyla akıcı bir geçiş sağlar. Benzer isimler arasındaki Köker ve Köşker ses bakımından yakın, iki heceli erkek adlarıdır.