Köktan, kök ve tan sözcüklerinden kurulmuş görünen bir erkek adıdır ve Kökten adının bir biçimi olarak kabul edilir. Kök, Ana Türkçe *kök'ten gelir ve kök, kaynak, başlangıç anlamlarını taşır. Tan, Osmanlıcadaki taŋ üzerinden Ortak Türkçe *taŋ biçimine dayanır; güneş doğmadan önceki alacakaranlığı, şafağı anlatır. Vikisözlük tanı hem kız hem erkek adı olarak kaydeder. Kökten için verilen anlam soylu kişidir; bu anlam kök sözcüğünün köken anlamına dayanır, tan öğesinin bu anlama katkısı ise ayrıca açıklanmaz.
Köktan'ın ses bakımından en yakın olduğu ad Kökten'dir; iki biçim yalnızca son hecenin ünlüsüyle ayrılır. Köktan'da son hece kalın olduğu için ekler a'lı gelir: Köktan'a, Köktan'ın. Benzer isimler arasındaki Köksan ve Köktaş da kök ile başlayan iki heceli adlardır; Kortan ve Yertan ise aynı tan sonuyla biter. Ad ince ve kalın ünlüleri bir arada taşıdığı için okunuşta iki hece belirgin biçimde ayrılır.