Köktaş, kök sözcüğüne ortaklık bildiren -daş ekinin getirilmesiyle kurulmuş görünür; ek, sondaki k sesinden sonra -taş biçimini alır. Vikisözlük'e göre -daş eki, bulunma eki -da ile eş sözcüğünün kaynaşmasından doğmuştur ve “aynı şeyi paylaşan” anlamı katar. Kök ise soy ve köken anlamını taşır. Böylece ad, aynı kökten gelen kişi demektir; TDK'nin kaydı da adı ortak bir soydan gelen kişilerin her biri diye açıklar. Ad kök ve taş sözcüklerinden kurulmuş gibi de okunabilir, ancak TDK anlamı -daş ekli yapıya uyar.
Benzer isimler arasındaki Göktaş ilk harf dışında aynıdır ve ses bakımından kolayca karışabilir; Bektaş ise taş ile biten bilinen bir addır. Köktaş iki hecede okunur (Kök-taş); ilk hece ince, ikinci hece kalın ünlülü olduğundan ekler a'lı gelir: Köktaş'a, Köktaş'ın. Yapısı soyadına benzediği için kısa bir soyadıyla birlikte kullanıldığında ad ile soyadı arasındaki ayrım daha net olur.