Köksan, kök ve san sözcüklerinin birleşmesiyle oluşur. Kök, Ana Türkçe *kök'ten gelir; bitkinin kökünü ve mecaz yoluyla bir şeyin aslını, kaynağını anlatır. San, Osmanlıca üzerinden gelir ve Vikisözlük'e göre saymak anlamındaki Ana Türkçe *sā- köküne dayanır; say- ve san- fiilleriyle akrabadır. Anlamları ad, ün, şan ve unvandır. İki öğe birlikte kökü sağlam bir ün fikrini verir; TDK de adı tanınmış, ünlü ad diye açıklar.
San ile biten adlar arasında benzer isimlerdeki Türksan, Güçsan ve Özsan da yer alır. Köksan iki hecede söylenir (Kök-san); ince ünlüyle başlayıp kalın ünlüyle bittiği için ekler son heceye göre a'lı gelir: Köksan'a, Köksan'ın. Kısa bir ad olduğundan çok heceli soyadlarıyla bile akıcı kalır. Benzer isimler arasındaki Köktan yalnızca bir harfle ayrıldığı için iki ad birbirine karıştırılabilir.