Peksu, pek ve su sözcüklerinden kurulmuş bir kız adıdır. Pek, Ana Türkçe *bek kökünden gelir ve bugünkü Türkçede “çok, son derece” anlamında kullanılır. Su ise Osmanlıca üzerinden, daha eski *suv biçimiyle Ana Türkçe *sub sözcüğüne uzanır; Eski Türkçede de sub olarak görülür ve Türkçede kendi başına bir kız adıdır. Böylece ad, çok duru bir su imgesine dayanır; TDK de adı tertemiz ve saf biri olarak yorumlar.
Benzer isimler arasındaki Paksu ile arasında yalnızca bir ünlü farkı vardır; Paksu'da ilk öğe Farsça pak (temiz) sözcüğüdür. Şensu, Günsu ve İlsu da aynı su öğesiyle biten adlardır. Peksu iki hecede okunur (Pek-su); ilk hece ince, son hece kalın ünlülü olduğundan ekler son heceye uyar: Peksu'ya, Peksu'nun.