Pekşen, pek ve şen sözcüklerinden kurulmuş bir kız adıdır. Nişanyan Adlar adın bütünü için kayıt tutmaz; ikinci öğe şen'i ise mutlu, neşeli ve aydınlık karşılığıyla kaydeder ve kökenini Farsça olarak gösterir. Pek Türkçede hem “çok” hem “sağlam” anlamına gelir. TDK Kişi Adları Sözlüğü adı neşeli ve mutlu kişi diye açıklar; böylece ad “çok neşeli” diye okunabilir.
Adın iki öğesi ayrı dillerden gelir; şen sözcüğünün Türkçe değil Farsça kökenli olması çoğu kişinin bilmediği bir ayrıntıdır. İki heceli ve n ile biten ad “pek-şen” diye söylenir; k ile ş arasındaki geçiş hızlı okunduğunda belirgin kalır. Benzer isimler arasındaki Hepşen, Günşen, İlşen ve Benşen aynı şen sonuyla kurulmuş adlardır.