Kayagün, kaya ve gün sözcüklerinden kurulmuştur. Kaya, Ana Türkçe *kaya sözcüğünden gelir; büyük kaya kütlesi, uçurum ve sarp yamaç anlamlarını taşır ve Eski Türkçede de aynı biçimde geçer. Gün, Osmanlıca ve Eski Anadolu Türkçesi üzerinden Ana Türkçe *kün'e uzanır; Eski Türkçede kün hem güneş hem gün demektir. TDK adı kaya kadar sağlam, yakışıklı kişi olarak açıklar; sağlamlık kaya'dan, parlaklık çağrışımı ise gün'ün güneş anlamından gelir gibi görünür.
Kayagündüz ile çok yakındır: iki ad da kaya ile başlar ve TDK'de aynı anlamla açıklanır; Kayagündüz'de gün yerine gündüz kullanılır. Kayagün üç hecede okunur (Ka-ya-gün); kalın ünlülerle başlayıp ince ünlüyle biter, bu yüzden ekler ü'ye uyar: Kayagün'e, Kayagün'ün. Benzer isimler arasındaki Karatün de bir zaman sözcüğüyle biten bir addır.