Kayaer, kaya ve er sözcüklerinin birleşiminden oluşan bir erkek adıdır. Kaya, Osmanlıca yoluyla Ana Türkçe *kaya (kaya, dağ) sözcüğüne dayanır; Başkurtçada qaya (kaya, uçurum), Türkmencede gaýa, Özbekçede qoya biçimleriyle yaşar. Vikisözlük kaya'yı “kaya” anlamında bir erkek adı olarak da kaydeder. Er, Ana Türkçe *ēr sözcüğünden gelir ve erkek, yiğit, soylu demektir. Birlikte kaya gibi sağlam bir yiğit fikri doğar; TDK adı kayanın gücünü taşıyan kişi diye açıklar.
Benzer isimler arasındaki Karaer aynı er öğesini kara ile, Aslaner ise aslan ile birleştirir; Kayagün ve Kayatimur da kaya ile başlayan adlardır. Kayaer üç hecede okunur (Ka-ya-er); ikinci hecedeki a ile son hecedeki e yan yana geldiğinden hece sınırı belirgin tutulur. Son hece ince ünlülü olduğu için ekler e'li gelir: Kayaer'e, Kayaer'in.