Karatün, kara ve tün sözcüklerinden kurulmuştur ve TDK'ye göre karanlık gece anlamına gelir. Kara, Ana Türkçe *kara (koyu, siyah) sözcüğüne dayanır. Tün, Ana Türkçe *tǖn sözcüğünden gelir ve gece, akşam demektir; Vikisözlük, bugünkü dün sözcüğünün bu sözcüğün ikizi olduğunu belirtir. Türkçe sürümde de tün için hem dün hem gece anlamları yer alır. Vikisözlük'ün İngilizce sürümü tün'ü ayrıca kız adı olarak kaydeder.
Dün ile tün'ün aynı kökten gelmesi, gece ile bir önceki gün kavramlarının dilde yakın durduğunu gösterir. Karatün üç hecede okunur (Ka-ra-tün); son hece ince ünlülü olduğundan ekler ü'ye uyar: Karatün'e, Karatün'ün. Benzer isimler arasındaki Karatan aynı kara öğesini şafak anlamındaki tan ile, Aktün ise tün'ü ak ile birleştirir.