Çağakan, “çağ” sözcüğüyle akmak fiilinin sıfat-fiil biçimi “akan”dan kurulmuş görünür; olası anlamı “çağ gibi akan” ya da “zamanla birlikte akan”dır. Nişanyan Adlar'da bu biçim için ayrı açıklama yoktur; gösterilen kayıt Çağkan adına aittir ve onda da yalnız Türkçe olduğu yazılıdır. Nişanyan Sözlük çağ sözcüğünü Moğolcada “an, zamanda bir nokta” anlamındaki çag ile eş kökenli sayar; akmak fiili ise Eski Türkçede sıvının cereyan etmesini anlatan ak- fiilinden gelir.
Üç hecede “ça-ğa-kan” diye söylenir; yumuşak g iki a arasında hafif kalır. Benzer isimler içindeki Çağlayan da su akışını çağrıştıran bir sözcükle kurulmuştur.