Başkaya, baş ve kaya sözcüklerinden oluşan bir erkek adıdır. Kaya, Osmanlıca yoluyla Ana Türkçe *kaya (kaya, dağ) sözcüğüne dayanır; Eski Türkçede de aynı biçimde görülür, Azericede qaya, Türkmencede gaýa olarak yaşar. Büyük ve sert taş kütlesi, sarp kayalık anlamındadır ve Vikisözlük'e göre tek başına da erkek adı ve soyadı olarak kullanılır. Baş ise en üstte, en önde olanı anlatır. Birlikte kayaların en yükseği gibi bir imge doğar; TDK ise adı önemli ve saygın kişi diye açıklar.
Kaya tek başına soyadı olarak da kullanıldığından, Başkaya'nın soyadıyla birlikte nasıl duyulduğunu denemek yararlıdır. Üç hecede okunur (Baş-ka-ya); ekler kaynaştırma sesiyle gelir: Başkaya'ya, Başkaya'nın. Benzer isimler arasındaki Durkaya aynı kaya öğesini, Başkara ise aynı baş öğesini taşır.