Başağa, “baş” ve “ağa” sözcüklerinden kurulmuş görünür; olası anlamı “ağaların başı, en büyük ağa”dır. Nişanyan Adlar'ın kaydı dili Türkçe diye verir, anlam konusunda bir şey söylemez. Nişanyan Sözlük'te baş, Eski Türkçe bāş sözcüğüne dayanır ve kafa anlamının yanında mecazen lider, reis anlamını da taşır; ağa ise Moğolcada ağabey ve saygı sözü olarak kullanılan aḳa ile eş kökenli bir sözcük olarak gösterilir.
“Baş-a-ğa” diye üç hecede okunur; yumuşak g yüzünden son iki hece birbirine yaslanır. Benzer isimler içindeki Baykoca da bir saygı sözcüğünü ikinci öğe olarak kullanır; Başkaya ve Başkara ise aynı baş öğesiyle başlar.