Baykoca, bay ve koca sözcüklerinden kurulmuş bir erkek adıdır. Koca'nın kökeni tartışmalıdır: Vikisözlük sözcüğü Osmanlıcadaki koca biçimine bağlar ve onun, Klasik Farsça xwāja'dan gelen hoca sözcüğünün bir ikizi olabileceğini belirtir. Tatarca xuca ve Kazakça qoja gibi akrabaları ev sahibi, sahip anlamını taşır. Türkçede koca büyük, iri, yaşlı ve yaşça büyük anlamlarına gelir. Bay ise zengin, soylu anlamındaki Ana Türkçe *bāy'a dayanır. TDK adı varlıklı ve saygın kişi diye açıklar; koca'nın yaşça büyük ve sahip anlamları bu yorumla uyumludur.
Koca sözcüğü günlük dilde eş anlamıyla da kullanıldığından ad ilk duyuşta bu çağrışımı da uyandırabilir. Üç hecede okunur (Bay-ko-ca); ünlüyle bittiği için ekler kaynaştırma sesiyle gelir: Baykoca'ya, Baykoca'nın. Benzer isimler arasındaki Başkara ve Başkaya da üç heceli, a ile biten erkek adlarıdır.