Başkaynak, baş ve kaynak sözcüklerinden kurulmuş bir erkek adıdır. Kaynak, Osmanlıcada da aynı biçimde kullanılmıştır; Vikisözlük'e göre kaynamak fiilinden -k ekiyle türemiştir ve Azericedeki qaynaq ile akrabadır. Toprağın altından gelen suyun dışarı çıktığı yer olmasının yanında bir şeyin çıktığı yeri, araştırmada başvurulan belgeyi ve bir şeyi sağlayan ögeyi de anlatır. Baş burada ilk, en önemli anlamındadır. Ad böylece ilk ve en önemli kaynağı anlatır; TDK de adı bu yönde açıklar.
Suyun çıktığı ilk nokta anlamıyla ad başlangıç fikrini taşır. Üç hecede okunur (Baş-kay-nak); y ile n yan yana geldiği için ortadaki hece kısa söylenir. Özel ad olduğundan sondaki k yazımda korunur: Başkaynak'a, Başkaynak'ın. Benzer isimler arasındaki Akkaynak aynı kaynak öğesini ak sözcüğüyle birleştirir.