Ayün adı için iki farklı açıklama bulunur. TDK adı ay ve ün sözcüklerinin birleşimi olarak görür ve ayın parlaklığı kadar tanınmış kişi diye yorumlar. Ün, Osmanlıca üzerinden Ana Türkçe *ǖn sözcüğüne dayanır; hem şöhret hem ses anlamını taşır ve Vikisözlük'te erkek adı olarak da kayıtlıdır. Öte yandan Vikisözlük'ün Türkçe sürümünde ayün biçimi ayrı bir sözcük olarak yer alır: Osmanlıca yoluyla Arapçadan gelen bu çoğul ad gözler, pınarlar ve casuslar anlamına gelir.
Ailelerin bu ikinci anlamı bilmesi, Arapça bilen çevrelerde adın farklı anlaşılabileceğini öngörmek açısından yararlıdır. Ayün iki hecede okunur (A-yün); kısa olduğu için uzun soyadlarıyla dengeli durur. Ekler ince ünlülüdür: Ayün'e, Ayün'ün. Benzer isimler arasındaki Aygün ve Aytün, tek ünsüz farkıyla ayrılan ve ay ile başlayan yakın adlardır.