Ağahatun, ağa ve hatun sözcüklerinin birleşimidir. Ağa, Osmanlıcadaki eski aqa biçiminden gelir ve Ana Türkçe *āka'ya dayanır; ilk anlamı büyük erkek kardeştir ve bu anlam bugün ağabey sözcüğünde yaşar. Hatun ise uzun bir yolculuk geçirmiştir: Hotan Sakacasından Soğdcaya, oradan Ana Türkçe *xātun biçimine geçmiş, Osmanlıcada hâtûn olarak yerleşmiştir. Vikisözlük'e göre kadın sözcüğü de aynı kökün ikizidir. TDK adı varlıklı, zengin bir hanım olarak açıklar.
Bu ad, Ağahanım'ın hatun ile kurulan karşılığı gibidir; benzer isimler arasındaki Ağakatun ise ikinci öğesi k ile söylenen çok yakın bir biçimdir. Altınhatun ve Gümüşhatun da hatun öğesini değerli bir maden adıyla birleştirir. Dört heceli (A-ğa-ha-tun) ve kalın ünlülü olduğundan ekler a ve u sesine uyar: Ağahatun'a, Ağahatun'un.