Ağakan, ağa ve kan öğelerinden oluşan bir erkek adıdır ve Ağahan adının bir biçimi olarak kabul edilir. Ağa, Ana Türkçe *āka sözcüğüne dayanır; büyük erkek kardeş anlamıyla başlar, Türkçede saygın kişi ve efendi anlamını kazanır. Han, Vikisözlük'e göre Ana Türkçe *kagan'dan gelir; kağan ve hakan ile aynı kökü paylaşır ve hükümdar demektir. Kan sözcüğü ise Türkçede bilinen anlamını taşır ve Vikisözlük'te ayrıca erkek adı olarak kayıtlıdır; Ağakan'daki son öğenin bu anlamı mı taşıdığı, yoksa han'ın bir söyleyişi mi olduğu kaynaklarda açıklanmaz.
Benzer isimler arasındaki Atakan ve Alahan, aynı ikili yapıyı kan ve han ile kuran adlara örnektir. Ağakan üç hecede okunur (A-ğa-kan); ğ sesi iki a arasında yumuşar. Ekler kalın ünlülüdür: Ağakan'a, Ağakan'ın. Ağahan ile karıştırılmaması için adı söylerken k ile yazıldığını belirtmek gerekebilir.