Goncafer, Farsça “gonca” ile “fer” sözcüklerinden kurulmuş görünür. Nişanyan Adlar adı Farsça olarak kaydeder ve “goncalarla, tomurcuklu” diye çevirir. Nişanyan Sözlük gonca sözcüğünü tomurcuk anlamındaki Farsça ġunca biçimine, fer sözcüğünü de nur, parıltı, ihtişam anlamlarındaki Farsça farr sözcüğüne bağlar. Bu ikinci öğeye göre ad “goncanın parıltısı” diye de okunabilir; iki yorumdan hangisinin asıl olduğu kesin değildir.
Fer ile biten adlar (Gülfer, Cihanfer gibi) Farsça kökenli kız adları arasında bilinen bir gruptur; benzer isimler arasında bunlar da yer alır. Ad “gon-ca-fer” diye üç hecede okunur. Goncafem ile yalnız son ses farklı olduğundan, yazarken iki adın karıştırılmamasına dikkat etmek gerekir.