Ekiner, ekin ve er sözcüklerinden kurulmuş bir addır; olası anlamı “ekinle uğraşan kişi”dir; TDK Kişi Adları Sözlüğü'nde de “çiftçi, ekin ekip biçen kişi” anlamıyla yer alır. Nişanyan Sözlük'e göre ekin Eski Türkçede “ekilen şey, tahıl” demektir ve ek- fiiline +In ekiyle türetilmiştir; Kaşgarî sözcüğün Oğuzcada tarla anlamına geldiğini de yazar. Sözcüğün “kültür” anlamı ise yenidir: Ziya Gökalp'in yaygınlaştırdığı hars sözcüğünün karşılığı olarak 20. yüzyılda kazanılmıştır.
Nişanyan Adlar, Ekin adının tipik bir Yeni Türkçe ad olduğunu, buna karşın Muş'ta erkek adı olarak yaygın kullanıldığını not eder. Ekiner, bu adın sonuna er getirilerek yapılmıştır ve söylenişte “e-ki-ner” diye açık hecelere ayrılır. Benzer isimler arasındaki Esener, Esiner ve Erimer de aynı er öğesiyle biter.