Beyhatun, bey ve hatun sözcüklerinden oluşan bir kız adıdır. Hatun'un kökeni Türkçenin dışına uzanır: Vikisözlük'e göre sözcük Hotan Sakacasından Soğdcaya, oradan Ana Türkçe *xātun biçimine geçmiş, Eski Anadolu Türkçesinde ve Osmanlıcada hâtûn olarak yerleşmiştir. Soylu kadın, hanım ve eş anlamlarını taşır ve tek başına kız adıdır. Bey ise Ana Türkçe *bēg (efendi) sözcüğünden gelir; Eski Anadolu Türkçesindeki beg biçimi yönetici demektir. TDK adı bir beyin hanımı diye açıklar; iki öğe bu anlamı doğrudan verir.
Beyhatun üç hecede okunur (Bey-ha-tun); ilk hece ince, son iki hece kalın ünlülü olduğundan ekler u'ya uyar: Beyhatun'a, Beyhatun'un. Benzer isimler arasındaki Acarhatun ve Acarkatun aynı son öğeyi taşır, Hatun ise adın yalın biçimidir.