Baydoğan, bay ve doğan sözcüklerinden kurulmuş bir erkek adıdır; TDK onu varlık içinde doğan kişi diye açıklar. Nişanyan Adlar'a göre Doğan iki anlam taşır: “doğan, dünyaya gelen” ve bir yırtıcı kuş türü. Togan, Toğan ve Tuğan biçimleriyle de kullanılan Doğan, eski zamanlardan beri en sevilen Türk adlarındandır; geçmişte yırtıcı kuş anlamı ağır basarken bugün doğmak fiilinden gelen anlam öne çıkar. Nişanyan adı Bey kaydıyla da ilişkilendirir; bey unvanının batıda en az 15. yüzyıldan beri bu söyleyişle kullanıldığını belirtir.
Bay ögesinin zenginlik anlamı ve doğan ögesinin iki ayrı yorumu, adı birkaç biçimde okumayı mümkün kılar. Benzer isimler arasındaki Başdoğan ve Bozdoğan aynı ögeyle biter.