Akağan, ak ve ağan öğelerinden kurulmuştur. Ak, Ana Türkçe *āk sözcüğüne dayanır; beyaz, temiz ve dürüst anlamlarını taşır. Ağan ise ağmak fiilinin “yükselen” anlamındaki sıfat-fiilidir; Vikisözlük'e göre ağmak Ana Türkçe *āg- (yükselmek) kökünden gelir ve Karahanlı Türkçesinde tırmanmak anlamıyla da görülür. Ad böylece “temizliğiyle yükselen” gibi bir anlam kazanır; TDK de adı dürüstlüğü sayesinde yükselen kişi diye açıklar.
Ad kulağa “ak ağa” gibi de gelebilir, çünkü ağan biçimi ağa sözcüğünün iyelikli hâliyle aynı yazılır; adın asıl dayanağı ise yükselmek anlamındaki fiildir. Üç hecede okunur (A-ka-ğan) ve kalın ünlülü ekler alır: Akağan'a, Akağan'ın. Benzer isimler arasındaki Akalan ve Akçakan aynı ak öğesiyle başlayan, üç heceli erkek adlarıdır.