Şimşeker, şimşek ve er sözcüklerinden kurulmuş bir erkek adıdır. Şimşek'in kökeni ilginçtir: Vikisözlük'e göre sözcük Eski Anadolu Türkçesinde sügüşek ya da süŋüşek biçiminde görülür ve mızrak anlamındaki Ana Türkçe *süŋgü sözcüğünden türediği düşünülür; ilk kez 1355 ile 1402 arasına tarihlenen metinlerde geçer. Bugün süngü sözcüğü de aynı kökü yaşatır. Er, Ana Türkçe *ēr sözcüğünden gelir; erkek, yiğit demektir. İki öğe birlikte şimşek gibi hızlı ve canlı bir yiğit imgesini kurar; TDK'nin kaydı da bu yöndedir.
Üç hecede okunur (Şim-şe-ker) ve ince ünlülü ekler alır: Şimşeker'e, Şimşeker'in. Benzer isimler arasındaki Ekener, Ersever ve Denizer de er ile biten adlardır; Şimşekhan ve Şimşekkan ise aynı şimşek öğesiyle başlar.