Ekener, eken ve er öğelerinden oluşur. Eken, ekmek fiilinin sıfat-fiil biçimidir; Vikisözlük'te bu fiil tohum ekmek, toprağa dikmek anlamıyla kayıtlıdır. Aynı yazılan ekmek adı ise ayrı bir sözcüktür ve Vikisözlük'e göre onun eski biçimi etmek'tir; etmek fiiliyle karışmaması için t sesi düzensiz biçimde k'ye dönmüştür. Er, Ana Türkçe *ēr'den gelir ve erkek, yiğit demektir. Birlikte “eken adam”, yani toprağı ekip biçen kişi anlamı çıkar; TDK de adı toprakla uğraşan kimse olarak açıklar.
Ekener üç hecede okunur (E-ke-ner) ve bütünüyle ince ünlülüdür: Ekener'e, Ekener'in. Benzer isimler arasındaki Eken, adın ilk öğesini tek başına taşıyan kısa biçimdir; Ekenel ise aynı öğeyi el ile birleştirir. Esener ve Ersever de er ile biten, ses yapısı yakın adlardır.