Müstesna, Arapça مستثنا sözcüğünden gelir ve “ayrı tutulan, istisna edilen” anlamını taşır. Nişanyan Adlar adı “olağanüstü, istisnai” diye karşılar. Türkçede sözcük, benzerlerinden ayrılan, onların üstünde tutulan bir kişi ya da şey için kullanılır; “müstesna bir eser” gibi. Kök, istisna sözcüğüyle aynıdır.
İlk iki hecesi ince, son hecesi kalın ünlülü olduğu için ad kalın ünlülü ekler alır: Müstesna'nın, Müstesna'ya. Benzer isimler arasındaki Mutena, “özenle seçilmiş” anlamıyla bu ada yakın bir anlam taşır.