Karakoyun, kara ve koyun sözcüklerinden kurulmuş bir erkek adıdır. Kara, Ana Türkçe *kara (koyu, siyah) sözcüğünden gelir. Koyun, Osmanlıca üzerinden Ana Türkçe *kōń sözcüğüne dayanır; Eski Türkçede koñ, Azericede qoyun, Kazakçada qoy biçimiyle yaşar. Vikisözlük, Moğolcadaki xonʹ (koyun) sözcüğünün de bununla ilişkili olduğunu, ancak ilişkinin niteliğinin belirsiz kaldığını not eder. Koyunun yumuşak yapısı ada geçer: TDK'ye göre ad, esmer ve sakin, uysal yaradılışlı birini anlatır.
Karakoyun adı tarihte de geçer: 14. ve 15. yüzyıllarda Doğu Anadolu ile İran'da hüküm süren Karakoyunlu Türkmen devleti bu adı taşır. Vikisözlük, koyun sözcüğünün ayrıca kucak, bağır anlamına geldiğini de kaydeder. Karakoyun dört hecede okunur (Ka-ra-ko-yun) ve kalın ünlülüdür: Karakoyun'a, Karakoyun'un. Benzer isimler arasındaki Karabudun ve Karaoğlan da kara ile başlayan dört heceli adlardır.