Berksun, berk sözcüğü ile -sun emir ekinden oluşan, dilek bildiren bir Türkçe addır. Berk “sağlam, dayanıklı, güçlü” anlamına gelir; -sun ise “olsun” anlamını katar. Ad böylece “güçlü olsun, sağlam kalsın” diye bir dilek taşır. TDK sözlüğü de adı “kendini sağlam ve güçlü göster” diye açıklar. Nişanyan Adlar, berk biçiminin pek sıfatından geldiğini ve 1930'larda yeni Türkçe adlar arasına girdiğini kaydeder.
Ek normalde ünlü uyumuna göre -sin biçimini alırdı; adda ise kalın -sun tercih edilmiştir, bu yüzden ilk hecedeki ince e ile ikinci hecedeki kalın u yan yana gelir. Benzer isimler arasındaki Berktin ve Berkman aynı köke farklı ekler eklenerek kurulmuştur.