Aynisa, Türkçe “ay” ile Arapça “nisa” sözcüklerinden kurulmuş görünür. Nişanyan Adlar adı Türkçe adlar arasında kaydeder ve anlam olarak soru işaretiyle “ay kadın” önerir; yani kaynak da bu yorumu kesin saymaz. Nisa sözcüğü Nişanyan Sözlük'te Arapça nisāˀ biçiminden gelen, kadın cinsi ve kadınlar anlamında bir çoğul olarak geçer; Kubbealtı Lugatı da nisâ'yı kadınlar karşılığıyla verir. Ay ise Eski Türkçe āy sözcüğünden gelir.
“Ay-ni-sa” diye üç hecede okunur; ünlüyle bittiği için ek alırken araya y girer. Benzer isimler arasındaki Aysema, Ayzühre ve Aydanur da ay sözcüğünü Arapça kökenli bir öğeyle birleştiren karma yapılı adlardır.