Aygüner, Aygün adına er ögesinin eklenmesiyle kurulmuş bir erkek adıdır. Nişanyan Adlar Aygün'ü “ay güneş” diye açıklar ve onu Günay'ın ters çevrilmiş biçimi sayar. Gün ögesi, Nişanyan'a göre erkek ve kadın adlarında eşit sıklıkla görülür; adın sonundaki er ise Türkçede “erkek, yiğit” anlamıyla bilinir ve adı açıkça erkek adı yapar. TDK'ye göre ad, güzelliğiyle aya, parlaklığıyla güneşe benzetilen kişiyi anlatır.
Er ekiyle biten adlar arasında Aygüner'in en yakın akrabaları benzer isimlerdeki Akgüner ve Aydıner'dir. Üç heceli yapısı (Ay-gü-ner) ince ünlülerle sürdüğü için ince ünlülü soyadlarıyla kolay uyum sağlar.