Pekdeğer, pek ve değer sözcüklerinden oluşan bir kız adıdır. Pek, Ana Türkçe *bek kökünden gelir ve burada “çok” anlamını verir. Değer ise Osmanlıca üzerinden Ana Türkçe *teġir (değer, kıymet) sözcüğüne dayanır; Azericedeki dəyər ile akrabadır. Yapı bakımından değmek fiiline (dokunmak, ulaşmak; değeri olmak) eklenen -er ile açıklanır. Vikisözlük'te değer tek başına hem kız hem erkek adı olarak kayıtlıdır. İki öğe birlikte çok kıymetli biri anlamını kurar ve TDK'nin kaydıyla örtüşür.
Pekdeğer üç hecede okunur (Pek-de-ğer); sondaki ğ sesi iki e arasında yumuşar ve ad konuşmada “Pekdeer” gibi duyulur. İnce ünlülü ekler alır: Pekdeğer'e, Pekdeğer'in. Benzer isimler arasındaki Pekbal aynı pek öğesiyle başlar. Bir sıfat öbeği gibi kurulduğundan, ilk duyuşta ad olduğu hemen anlaşılmayabilir.