Nilgûn, Farsça nîl (mavi, çivit) ile gûn (renk) sözcüklerinden oluşur ve “mavi renkli” anlamına gelir; Nişanyan Adlar sözcüğü bu anlamla verir. Kayda göre adın örnekleri 1920'lerden beri görülür, ama asıl tanınırlığını Refik Halit Karay'ın 1950 tarihli Nilgün romanıyla kazanmıştır. Nişanyan, adın İran ve Pakistan'da da nadir de olsa kullanıldığını belirtir.
Bugün en çok Nilgün diye yazılır; Nilgûn biçimi Farsçadaki uzun u sesini düzeltme işaretiyle gösterir. Türkçedeki gün sözcüğüyle aynı sesi taşıdığı için ad kolayca “gün” ile ilişkilendirilebilir, oysa ikinci öğe “renk” demektir. İki hecede okunur (Nil-gûn). Benzer isimler arasındaki Zergûn da aynı “renk” öğesiyle kurulmuş ve “altın renkli” anlamına gelen bir kız adıdır.