Karadoğan, kara ve doğan sözcüklerinin birleşmesinden oluşur. Kara, Ana Türkçe *kara (koyu, siyah) sözcüğüne dayanır ve esmer anlamını da taşır. Doğan iki yönlü bir sözcüktür: Vikisözlük'e göre Ana Türkçe *togan sözcüğünden gelen ve şahin türünden yırtıcı kuşu anlatan bir addır; aynı biçim doğmak fiilinin sıfat-fiili olarak dünyaya gelen kişi demektir. TDK adı esmer tenli olarak doğmuş çocuk diye açıklar, yani ikinci anlamı esas alır.
Kuş anlamıyla okunduğunda ad koyu renkli bir doğanı da çağrıştırır; benzer isimler arasındaki Aladoğan ve Türkdoğan aynı ikili okumaya açıktır. Karadoğan dört hecede söylenir (Ka-ra-do-ğan) ve bütünüyle kalın ünlülüdür: Karadoğan'a, Karadoğan'ın. Ortadaki ğ iki ünlü arasında yumuşak okunur ve adın akıcı söylenmesini sağlar.