Göktuna, gök ile Tuna adlarının birleşimidir. TDK sözlüğü adı suyunun rengi mavi olan Tuna diye, ırmak adıyla açıklar; Nişanyan Adlar'daki kelimesi kelimesine karşılık ise “gök pars”tır. Bu ayrımın nedeni Tuna'nın iki ayrı anlamıdır: Nişanyan'a göre Tuna bazen Tuna Irmağı'nı anlatsa da yeni Türkçe adlarda neredeyse her zaman efsanevi Türk hakanı Alp Er Tunga'nın adının bir çeşididir. Irmağın adı ise bilinmeyen tarih öncesi bir dilden kalmıştır. Tuna, Osmanlı'da Kuzey Bulgaristan ile Romanya'nın bir bölümünü kapsayan bir vilayetin de adıydı.
Açık a sesiyle biten ad, Gök-tu-na diye üç hecede söylenir. Benzer isimler arasındaki Altuna ve Ertuna aynı Tuna öğesiyle kurulmuş erkek adlarıdır.