Aytunga, ay ögesiyle efsanevi Türk hakanı Alp Er Tunga'nın adını birleştirir. Nişanyan Adlar Tuna kaydında, Yeni Türkçe adlarda Tuna'nın neredeyse her zaman Alp Er Tunga/Tuna adının bir biçimi olduğunu belirtir; Aytunga bu adın tunga biçimini doğrudan korur. Ay ögesi ise erkek adlarında genellikle “ışık, aydınlık”, bazen de “erkek çocuk, evlat” anlamına gelir. TDK adı yiğit ve kahraman kişiye seslenen bir ad olarak açıklar.
Tunga ögesi adı Türk destan geleneğine bağlar; Aytuna ise aynı adın kısalmış biçimine yakındır. Benzer isimler arasındaki Göktulga ve Aktolga ses bakımından yakın erkek adlarıdır.