Aygen, Dil Devrimi döneminde ortaya çıkan Yeni Türkçe adlardandır; Nişanyan Adlar karşılığını “yakın, içten dost” olarak verir. Kayıt, adın Arapça Enis (“dost, can yoldaşı”) karşılığı olarak 1934'te yayımlanan Tarama Dergisi'nde yer aldığını not eder. Atatürk'ün 1936'da yaptığı açıklamada ise ay ögesinin “akıl”, gen ögesinin de “geniş” anlamını taşıdığı söylenmiştir. Vikisözlük'ün “gönül arkadaşı, sevgili, dost” karşılıkları Nişanyan'ın verdiği anlamla örtüşür.
Kısa ve ince sesli bir kadın adı olan Aygen (Ay-gen), uzun bir soyadıyla dengeli durur. Benzer isimler arasındaki Ayben ve Aksen de -en ile biten iki heceli kadın adlarıdır.