Gündöndü, Vikisözlük'e göre gün ve döndü sözcüklerinden kurulmuştur ve ayçiçeği anlamına gelir. Ad, ayçiçeğinin güneşe yönelen görünüşüyle ilişkilendirilir; aynı bitkinin Türkçedeki öteki adı günebakan da sözlükte “güneşe bakan” diye açıklanır. Gün, Ana Türkçe *kün'e uzanır ve eski dilde güneş demektir; döndü ise dönmek fiilinin geçmiş zaman biçimidir. TDK'nin kaydı adı ayçiçeğinin yanı sıra öğle geçtikten sonraki saatler diye de açıklar; güneşin tepe noktasını aşması bu ikinci anlamla örtüşür.
Bir fiil çekimiyle biten ad, “gün döndü” diye bir cümle gibi de okunur. Benzer isimler arasındaki Güngördü ve Üngördü aynı geçmiş zaman yapısını taşır. Gündöndü üç hecede okunur (Gün-dön-dü) ve ince ünlülüdür: Gündöndü'ye, Gündöndü'nün. Ayçiçeğinin adı olması ada doğaya yakın bir anlam katar.