Gönener, gönenmek fiilinin geniş zaman biçimidir; ad “gönenir, mutlu olur” anlamındaki bir sözcükten kurulur. Gönenmek, Vikisözlük'e göre Osmanlıca ve Eski Anadolu Türkçesi üzerinden Ana Türkçe *kön- fiiline dayanır; bu fiil düzelmek, Orta Türkçede iyileşmek, yoluna girmek anlamlarını taşımıştır. Türkmencedeki gönenmek ile akrabadır. Bugün mutlu olmak, rahat bir hayat sürmek, sevinç duymak demektir. TDK adı rahat ve mutlu kişi diye açıklar.
Adın sonundaki -er, Türkçe erkek adlarında sık görülen er öğesini de çağrıştırır; benzer isimler arasındaki Gülener, Gökmener ve Göksever bu yüzden aynı aileye aitmiş gibi durur. Gönener üç hecede okunur (Gö-ne-ner) ve n sesleri ada yumuşak bir akış verir. Ekler ince ünlülüdür: Gönener'e, Gönener'in.