Gökser, Türkçe gök ile Farsça ser sözcüklerinden kurulmuş melez bir addır. Kubbealtı Lugatı ser'i Farsça “baş, kafa” diye açıklar; sözcük mecaz olarak başkan, önder ve bir şeyin doruğu, tepesi anlamlarına da gelir. Gök ise Nişanyan Sözlük'e göre Eski Türkçe kȫk “gökyüzü, mavi” sözcüğüdür. İki öğe birlikte “başı gökte” ya da “göklerin başı” gibi bir anlam verir; TDK Kişi Adları Sözlüğü adı “saygın kimse” diye açıklar.
Nişanyan Adlar, ser öğesinin ad olarak çoğunlukla Serbülent bileşiğinin ilk parçası olduğunu, birkaç örnekte de Serasker'den geldiğini not eder. Gökser'in kendisi için kaynakta bir anlam yazılmaz. Benzer isimler arasındaki Merter, Sirer ve Gencer de -er sesiyle biter; Gökcan ise gök ile başlayan bir başka addır.