Gökçer, Gökçe ile er sözcüklerinin birleşimi olarak görünür; olası anlamı “alımlı, güzel er”dir. Nişanyan Adlar'da adın kendi kaydı anlam vermez, ama ilk öğe Gökçe için ayrıntılı bir not bulunur: Gökçe geleneksel Gökçek adının bir biçimidir, “alımlı, güzel” demektir ve Çorum'un Büget köyündeki Gökçe Dede türbesi Alevilerce ziyaret edilir. Nişanyan Sözlük gökçe'yi gök sözcüğüne +çA ekinin getirilmesiyle açıklar; er ise Eski Türkçede “adam, kişi” anlamındadır.
Gökçe'nin sonundaki e ile er'in başındaki e birleşerek tek sese inmiş, ad Gökçer biçimini almış görünür. Nişanyan Adlar'a göre gökçe sıfatı çeşitli Türk ağızlarında “güzel” anlamıyla yaşamış, sonra gündelik dilden düşmüştür. Benzer isimler arasındaki Gencer, Görker ve Göçer de er ile biten iki heceli adlardır.