Bilginer, Bilgin ve er sözcüklerinden kurulmuş bir erkek adıdır. Nişanyan Adlar, Bilgin'i “âlim, çok yönlü bilgi sahibi” diye açıklar; er ise Türkçede “erkek, yiğit” anlamına gelir. TDK sözlüğü adı “bir bilim dalında derinleşmiş, uzman kişi” olarak açıklar. Bilgin sözcüğü bilmek fiilinden türemiştir ve Türkçede âlim sözcüğünün karşılığı olarak yerleşmiştir; er eki ise ada yiğitlik ve erkeklik vurgusu katar.
Bilgin'in son ünsüzü n, er ile birleşince heceler yeniden bölünür ve ad Bil-gi-ner diye tek parça gibi akar. Benzer isimler arasındaki Bilender ses olarak yakındır ama başka kökenden gelir. Bilgin yaygın bir soyadı olduğu için Bilginer de soyadı gibi duyulabilir.