Ağaner, ağmak fiilinden gelen ağan (yükselen) ile er sözcüğünün birleşimidir. Vikisözlük'e göre ağmak Ana Türkçe *āg- (yukarı kalkmak) kökünden gelir; Azericede, Türkmencede ve Karahanlı Türkçesinde de akrabaları bulunur. Er, Eski Anadolu Türkçesi yoluyla Ana Türkçe *ēr'e dayanır; erkek, yiğit, savaşçı ve soylu anlamlarını taşır. TDK'nin kaydı adı göklere doğru yükselen değerli bir er olarak yorumlar.
Ağaner'de hece sınırı adı A-ğa-ner diye böler; bu yüzden kulağa ağa sözcüğü gelir. Oysa ad ağa unvanından değil, yükselmek anlamındaki fiilden kurulmuştur. Ekler ince ünlüyle gelir: Ağaner'e, Ağaner'in. Benzer isimler arasındaki Ataker, Açıker ve Aksuner de er ile biten, üç heceli erkek adlarıdır.