Yöner, yön ve er sözcüklerinden kurulmuş bir erkek adıdır. Yön, Ana Türkçe *yȫn'den gelir; taraf, istikamet ve izlenecek yol anlamlarını taşır. Er ise Eski Anadolu Türkçesi yoluyla Ana Türkçe *ēr (erkek) sözcüğüne dayanır ve yiğit, soylu kişi demektir. İki öğe yan yana gelince bir hedefe doğru ilerleyen kişi fikri doğar; TDK'nin açıklaması da adı, belli bir hedefe yüzünü çevirmiş kişi olarak yorumlar. Vikisözlük'e göre yönetmek fiili de yöneltmek üzerinden aynı yön köküne bağlanır.
Er ile biten iki heceli adlar arasında benzer isimlerdeki Çiner, Özger ve Serter de bulunur. Yöner'in iki hecesi de ince ünlülüdür (Yö-ner) ve ekler e'li gelir: Yöner'e, Yöner'in. Sondaki r sesi, ünlüyle başlayan soyadlarına kesintisiz bir geçiş sağlar. Benzer isimler arasındaki Yönet ise aynı kökü taşıyan bir başka addır.