Tunaer, Tuna ile er öğelerinden kurulur. Nişanyan Adlar'a göre Tuna, Yeni Türkçe adlarda neredeyse her zaman efsanevi Türk hükümdarı Alp Er Tunga'yı anar; Tunga Eski Türkçede kaplan, yaban kedisi demektir ve Orhun yazıtlarında geçen eski adlardandır. Kaynak, nehir adının ise bilinmeyen bir tarih öncesi dilden kaldığını ve Osmanlı'da Kuzey Bulgaristan ile Romanya'nın bir kısmını kapsayan Tuna vilayetinin adı olduğunu belirtir. Ad sözlüklerindeki görkemli, gösterişli kimse anlamı bu kayıtta yer almaz.
Er öğesi, adı Alp Er Tunga'daki er ile buluşturur. Üç hecede “tu-na-er” diye, a ile e ayrı ayrı duyularak okunur.