İyidoğan, iyi ve doğan sözcüklerinden oluşur. İyi, Ana Türkçe *ed-gü (iyi, üstün) sözcüğüne dayanır ve Osmanlıcada eyü, Eski Anadolu Türkçesinde eygü biçimleriyle geçer. Doğan iki ayrı anlamla okunabilir: Vikisözlük'e göre hem Ana Türkçe *togan sözcüğünden gelen ve şahin türü yırtıcı kuşu anlatan bir addır hem de doğmak fiilinin sıfat-fiil biçimidir, yani dünyaya gelen kişi. TDK adı ikinci anlamla açıklar: dünyaya gelişi hayırlı sayılan çocuk.
Doğmak fiili Vikisözlük'te Eski Türkçedeki tug- ile akraba gösterilir ve güneşin, ayın ufukta yükselmesini de anlatır; bu yüzden ad yeni bir başlangıcı da çağrıştırır. İyidoğan dört hecede okunur (İ-yi-do-ğan); ilk iki hece ince, son iki hece kalın ünlülüdür ve ekler a'lı gelir: İyidoğan'a, İyidoğan'ın. Benzer isimler arasındaki Uludoğan, Tekdoğan ve Özdoğan aynı doğan öğesiyle biter.