Hasan Emre, iki köklü adın birleşimidir. Hasan, Arapça “güzel” demektir; Nişanyan Adlar'a göre Hz. Ali'nin büyük oğlu ve Peygamber'in torunu Hz. Hasan, Mücteba lakabıyla anılır ve onun soyundan gelenlere şerif unvanı verilir. Şiilere göre on iki imamın ikincisidir, Sünniler de ona saygı gösterir. Emre ise 13-14. yüzyıldan beri Türkçede Emre ve Emrah biçimleriyle sık görülen bir addır. Kökeni zamanla unutulmuş; Köprülü onu “ağabey”, Timurtaş ve Gölpınarlı “sevgili” diye yorumlamıştır. Nişanyan'a göre Tietze ve Tezcan, adın aslının Farsça hem-râh (“yol arkadaşı”) olduğunu kanıtlarla ortaya koyar.
Arapça ve Farsça kökenli iki adı birleştiren Hasan Emre, Ha-san Em-re diye dört hecede okunur ve iki ad ayrı yazılır. İkinci isim olarak Emre, Hasan'ın kalın ünlülerine ince ünlülü bir karşılık verir.