Aytuna, ay ve Tuna ögelerinden oluşan bir addır. Nişanyan Adlar'a göre Tuna bazen Tuna Nehri'ni anlatsa da Yeni Türkçe adlarda neredeyse her zaman efsanevi Türk hakanı Alp Er Tunga'nın adının bir biçimidir. Tuna Nehri'nin adı ise bilinmeyen bir tarih öncesi dilden kalmıştır; Kuzey Bulgaristan'la Romanya'nın bir bölümünü kapsayan Osmanlı vilayetinin adı da Tuna'ydı. Vikisözlük adı ay gibi güzel, Tuna gibi görkemli diye yorumlar.
Nişanyan'a göre Tuna, imparatorluğun son döneminde bu vilayetten gelen göçmenler arasında soyadı olarak da sık kullanılır; bu yüzden ad, soyadı Tuna olan ailelerde tekrara yol açabilir. Benzer isimler arasındaki Aysuna ve Aysuda ay ile başlayıp a ile biten adlardır.